Kultuuriministeeriumi valitsemisalas:
Kaitseministeeriumi valitsemisalas:
Kliimaministeeriumi valitsemisalas:
Siseministeeriumi valitsemisalas:
- SA A. H. Tammsaare Muuseum Vargamäel (endise Järvamaa Muuseumi alakogu)
- SA Ajakeskus Wittenstein (endise Järvamaa Muuseumi kogu)
- SA Eesti Ajaloomuuseum (endise Eesti Ajaloomuuseumi kogu ja endise Eesti Teatri- ja Muusikamuuseumi kogu)
- SA Eesti Tervishoiu Muuseum (endise Eesti Tervishoiu Muuseumi kogu)
- SA Eesti Vabaõhumuuseum (endise Eesti Vabaõhumuuseumi kogu)
- SA Haapsalu ja Läänemaa Muuseumid (endise Läänemaa Muuseumi kogu)
- SA Juuru ja Hageri Kihelkonna Muuseumid (endise Mahtra Talurahvamuuseumi kogu)
- SA Virumaa Muuseumid (endise Rakvere Muuseumi kogu)
- SA Hiiumaa Muuseumid (endise Hiiumaa Muuseumi kogu)
- SA Pärnu Muuseum (endise Pärnu Muuseumi kogu)
- SA Eesti Kunstimuuseum (endise Eesti Kunstimuuseumi kogu)
- SA Eesti Spordi- ja Olümpiamuuseum (endise Eesti Spordimuuseumi kogu)
- SA Eesti Meremuuseum (endise Eesti Meremuuseumi kogu)
- SA Saaremaa Muuseum (endise Saaremaa Muuseumi kogu)
- SA Eesti Maaelumuuseumid (endised Eesti Põllumajandusmuuseumi ja Carl Robert Jakobsoni Talumuuseumi kogud)
- SA Eesti Piimandusmuuseum (endine Eesti Piimandusmuuseumi kogu)
-
Harjumaa Muuseum (riigile kuuluv arheoloogiakogu)
-
SA Rannarootsi Muuseum (endise Rannarootsi Muuseumi kogu)
-
SA Tartu Kunstimuuseum (endise Tartu Kunstimuuseumi kogu)
- Nukuteatrimuuseum (osa Sihtasutusest Eesti Noorsooteater, mis on riigi sihtasutus; asutajaõigusi teostab Kultuuriministeerium)
- Sagadi mõisa- ja metsamuuseum (osa Riigimetsa Majandamise Keskusest, mis on Keskkonnaministeeriumi valitsemisalas tegutsev riigitulundusasutus)
- SA Teaduskeskus AHHAA (riigi osalusel asutatud sihtasutus, riigi asutajaõigusi teostab Haridus- ja Teadusministeerium)
Muuseume omavad ka kohalikud omavalitsused (60 kohaliku omavalitsuse muuseumi 2022. aasta seisuga) ja kolmanda sektori organisatsioonid ja üksikisikud (65).
Eesti Kirjandusmuuseum ei ole muuseum muuseumiseaduse mõistes, vaid kombinatsioon muuseumist, arhiivist ja raamatukogust, mis on Haridus- ja Teadusministeeriumi hallatav riigi teadus- ja arendusasutus, mis ühtlasi täidab riigi keskse teadusliku mäluasutuse ülesandeid. Ajalooliselt on Eesti Kirjandusmuuseum välja kasvanud Eesti Rahva Muuseumi arhiivraamatukogust ja folkloristika arhiividest.
Viimati uuendatud 29.01.2024